カテゴリーを非表示にしていたのに購入されたのですが

カテゴリーの表示設定はあくまでも、ショップのトップページに該当カテゴリーを表示するか否かの設定となります。
そのため、ショップ内で商品検索をおこなうと商品が表示され、購入も可能となります。

もし、カテゴリーだけでなく、そのカテゴリーに属する商品もショップに表示させたくない場合は、カテゴリーに属する各商品の商品編集から「掲載設定」を「掲載しない」へ変更する設定も同時におこなってください。

▽マニュアル - 商品登録
https://help.shop-pro.jp/hc/ja/articles/1500004189362#keisai